A saúde indígena deixou de ser mais uma das ações desenvolvidas pela Fundação Nacional de Saúde (Funasa) para ser o foco exclusivo de uma secretaria criada pelo Ministério em 2010. O principal objetivo é o atendimento dos índios brasileiros pelo SUS de maneira integral. Os governos de Lula e Dilma investiram principalmente na melhoria das condições sanitárias, no manejo de lixo e no abastecimento d’água das aldeias. Em consequência desses esforços, a mortalidade infantil entre os bebês indígenas caiu continuamente. Em 2009, ela foi de 41,9 mortes por 1000 nascidos vivos, contra 74,6 no ano 2000. Em 2019, porém, após o fim da execução do programa Mais Médicos, a mortalidade de bebês indígenas voltou a subir no Brasil: foram 530 bebês indígenas, com até um ano de idade, mortos no período de janeiro a setembro de 2019.